Rejestracja szczepień w e-Karcie Szczepień jest fakultatywna. Nadal możliwe jest prowadzenie dokumentacji szczepień w postaci papierowej (w Karcie uodpornienia) na dotychczasowych zasadach (jedynie rejestracja szczepień przeciw COVID-19 i powszechnych szczepień przeciw grypie na sezon 2021/2022 obowiązkowo musi być prowadzona w e-Karcie Szczepień).

W przypadku dokonania wpisu o szczepieniu w e-Karcie Szczepień nie jest wymagane dokonanie:

1) tego samego wpisu w Karcie uodpornienia (wpis taki nadal może być jednak wykonany np. w celu zachowania ciągłości dokumentowania już rozpoczętych szczepień wielodawkowych);

2) wpisu o szczepieniu w wykazie zabiegów, o którym mowa w przepisach wydanych na podstawie art. 30 ust. 1 ustawy z dnia 6 listopada 2008 r. o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta.

Fakt zaszczepienia pacjenta będzie automatycznie odnotowany w Internetowym Koncie Pacjenta osoby poddanej szczepieniu. Równocześnie nadal konieczne jest udokumentowanie szczepienie przez osobę, która je przeprowadziła w papierowej Książeczce Szczepień będącej częścią Książeczki Zdrowia Dziecka (zewnętrzna dokumentacja medyczna sporządzana na potrzeby pacjenta).

Zmiana sposobu raportowania szczepienia z papierowego w karcie uodpornienia na elektroniczny w e-Karcie Szczepień nie pociąga za sobą zmiany sposobu finansowania szczepień i wystawiania raportów rozliczenia za usługę przez NFZ.