Dzięki dostępowi do aplikacji możliwe jest zarządzanie procesem szczepień w danym punkcie, w tym dodawanie terminów, rezerwacja terminu dla konkretnego pacjenta na pierwszą i drugą dawkę szczepienia oraz potwierdzanie odbytych wizyt.

Punktem wyjścia do korzystania z aplikacji e-zdrowie jest przyznanie użytkownikom (osobom, które będą zarządzać terminarzem szczepień, np. pracownikom rejestracji) odpowiednich uprawnień w portalu gabinet.gov.pl.

Może to zrobić administrator konta placówki w portalu gabinet.gov.pl. Osoba ta dodaje poszczególnych użytkowników aplikacji e-rejestracji do struktury organizacyjnej podmiotu w portalu. Dzięki temu użytkownicy ci otrzymają uprawnienie do logowania do aplikacji. Jeszcze przed rozpoczęciem korzystania z aplikacji warto się zastanowić i zadbać o to, aby dodać wszystkie osoby, które są upoważnione przez usługodawcę do dodawania terminów i rejestrowania pacjentów (także na ewentualność zastępstwa).

Każda placówka ma możliwość dodania kilku punktów szczepień i prowadzenia terminarza dla każdego z nich osobno. Terminarz umożliwia zaplanowanie konkretnych dni i godzin (tzw. slotów w przedziale od 15 do 60 minut), w których wykonywane będą szczepienia. Dodatkowo można uwzględnić, czy dany termin ma charakter mobilny, czy nie (czy wiąże się z wyjazdem zespołu szczepiennego do pacjenta).

Prowadzony w aplikacji grafik ma dwie opcje widoczności – może być widoczny tylko dla pracowników podmiotu (status wewnętrzny) albo także dla innych (status zewnętrzny) – na przykład dla innych punktów szczepień.

Dodawanie wolnych terminów może odbywać się na dwa sposoby – pojedynczo lub masowo. Przy masowym dodawaniu terminów grafik może być utworzony od razu na przykład na miesiąc czy dwa do przodu.

Gdy pacjent dzwoni lub chce umówić wizytę osobiście, istnieje konieczność dodania wizyty do wolnego terminu. W tym celu rejestrujący pacjenta pracownik przychodni musi zapytać go o jego PESEL.

Numer PESEL umożliwia aplikacji wyszukanie danego pacjenta w systemie i wskazanie, czy wystawiono już dla niego skierowanie. Wizytę pacjenta można umówić tylko z wystawionym skierowaniem.

Jeżeli pacjent korzysta z Internetowego Konta Pacjenta, będzie widoczny też jego numer telefonu i adres e-mail. Wypełnienie pola z numerem telefonu jest obowiązkowe. Bez niego nie będzie możliwe umówienie wizyty. Podanie adresu e-mail jest dobrowolne.

Po wybraniu i potwierdzeniu przez pracownika podmiotu terminu pierwszej dawki szczepienia pacjent otrzyma smsi e-mail z informacją o dacie i miejscu szczepienia.